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使用通用基因组浏览器查看HapMap数据中有关基因组的信息，以及检索特定基因组区域的基因型及其频率。可直接链接到染色体

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以下目录包括了本项目的已公开数据（更多信息请参考 HapMap 数据访问政策 ）。每个数据的细节可以在各相应目录的“READMEs”中找到：

• 批量数据
• 基因型数据 ：递交到数据协调中心（DCC）的单个基因分型数据（新用户需要先 注册）
• 连锁不平衡数据 ：使用D'、LOD、R² 对最新的基因分型数据进行连锁不平衡分析。
• phase数据：由第16次公布的数据（即第一阶段数据集）经软件PHASE运算产生
• SNPs 分类 ：根据若干标准（详见“ 如何挑选 SNPs ”）挑选出来优先进行分型的dbSNP库中的参考SNP组群。每条染色体上的SNP数目及更详细内容在名为“00README”的文件中。
• 频率：递交到数据协调中心的等位位点和基因型频率数据汇总。这些数据也已递交至 dbSNP 库，可在新版的dbSNP中检索到。
• 重组率和重组热点：通过基因分型数据计算的重组率和重组热点
• SNP 分析实验 ：递交到数据协调中心的详细实验内容。包括每个 SNP分型平台所有的 PCR引物序列，延伸探针等。


• 软件
• 通用基因组浏览器：基因组浏览器的配置文件、GFF文件、插件和其他用于本地安装基因组浏览器的文件的完全集，带有HapMap基因分型数据和等位基因频率。


• 文件
• 实验方案：包含项目中涉及的各种实验设计、基因分型方案等
• 样本／个体 ：本项目所使用的样本及提供该样本的个体信息。 （详情见“ 项目介绍 ：人群及样本”）。
• XML文档：HapMap项目使用的XML格式的文件。

ENCODE regions

For more information about the ENCODE Project see HapMap ENCODE Page

 

Population descriptors:    
   YRI     : Yoruba in Ibadan, Nigeria  
   JPT+CHB : Japanese in Tokyo, Japan + Han Chinese in Beijing, China (combined on one plate)
   CEU     : CEPH (Utah residents with ancestry from northern and western Europe)

Generated Fri Apr 13 13:44:05 EDT 2007

公布说明

HapMap data release #26, November 2008, on NCBI B36 assembly, dbSNP b126 --

This release contains genotypes and frequencies for non-redundant SNP assays from phases I+II 
and III of the HapMap project. For SNPs genotyped in both phases of the project, phase III SNP 
assays were preferentially selected, as they included all HapMap samples to date. 

Note for genotypes files: For SNPs with no data in phase III (ie, only included in phase I+II), 
"NN" was used as place holder.

Additional information, including SNP assays excluded from this data merging due to mapping or 
allele inconsistencies are described in the accompanying file:

http://ftp.hapmap.org/genotypes/2008-11_phaseII+III/00README.txt


Summary of non-redundant SNPs (merged set):

	   ASW	      CEU	 CHB	    CHD	       GIH	  JPT	     LWK	 MEX	   MKK	      TSI	 YRI
chr1  	 122,931    314,033    317,091	  100,484    110,267	316,840	   120,248     114,593	 122,000    110,384    312,942
chr2	 124,568    329,834    330,363	  102,283    111,967	330,196	   122,391     115,702	 123,683    112,258    323,585
chr3	 103,155    259,427    259,247	   85,308     93,275	259,119	   101,367     96,142	 102,499     93,463    255,250
chr4	  93,234    248,230    248,260	   76,803     84,310	248,142	    91,775     85,999	  92,876     84,586    243,477
chr5	  94,065    250,740    251,063	   78,810     86,060	250,963	    92,530     87,995	  93,719     86,063    246,414
chr6	  97,655    272,260    275,921	   82,932     89,744	275,687	    95,427     91,807	  96,636     90,572    270,223
chr7	  80,762    216,517    217,049	   67,917     74,204	216,903	    79,369     75,864	  80,503     74,435    212,969
chr8	  81,053    215,906    218,751	   66,783     73,822	218,676	    79,550     75,288	  80,522     73,615    215,244
chr9	  68,074    183,853    185,119	   57,692     62,970	185,024	    66,458     63,726	  67,462     62,765    182,611
chr10	  78,361    211,705    213,848	   65,667     71,867	213,741	    76,785     74,490	  77,777     71,762    210,140
chr11	  75,349    206,993    207,938	   62,627     68,296	207,849	    73,752     69,912	  74,791     68,379    202,300
chr12	  73,010    195,194    195,829	   61,176     66,979	195,697	    71,194     69,066	  72,230     66,600    193,550
chr13	  56,146    157,442    159,513	   46,377     51,222	159,455	    55,244     51,865	  56,049     51,312    156,795
chr14	  48,454    124,741    125,307	   40,355     44,135	125,232	    47,569     45,354	  48,133     44,307    122,575
chr15	  44,843    108,466    108,815	   37,698     40,628	108,748	    44,166     41,208	  44,503     40,495    106,391
chr16	  47,221    111,887    111,685	   38,345     42,162	111,542	    46,404     43,256	  46,813     42,231    109,551
chr17	  40,104     92,401	92,047	   32,591     35,883	 91,864	    39,278     37,151	  39,742     36,265	90,672
chr18	  44,182    120,209    120,992	   36,302     39,660	120,947	    43,542     41,021	  43,911     39,782    118,914
chr19	  27,327     59,635	59,382	   22,810     24,601	 59,217	    26,938     25,847	  27,043     24,813	58,614
chr20	  38,121    121,080    121,031	   31,331     34,544	120,960	    37,413     35,932	  37,894     34,643    119,001
chr21	  20,861     50,977	52,363	   17,704     19,190	 52,331	    20,510     19,554	  20,736     19,270	51,091
chr22	  21,446     55,942	57,482	   17,700     19,499	 57,445	    20,855     19,814	  21,096     19,550     56,697
chrX	  53,511    122,576    122,946	   39,473     44,698	122,813	    52,927     47,102	  52,860     44,778    122,584
chrY	  	  	672	   667			 	    667							   668
chrM   	           	212	   206				    206							   211

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Total  1,534,433  4,030,932  4,052,915  1,269,168  1,389,983  4,050,264	 1,505,692  1,428,688  1,523,478  1,392,328  3,982,469


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help@hapmap.org

关于 DCC

HapMap数据协调中心负责协调（DCC）和管理本项目的数据传递、存储，发放及对外公布。同时负责基因分型数据库和本网页的管理维护。DCC由 冷泉港实验室的Lincoln Stein小组(Lincoln Stein's group)运作。

最后更新： : index.html.zh,v 1.12 2005/09/29 20:17:47 krishnan Exp